La estructura del SATOC se integra con la Asamblea, un Comité Ejecutivo, un Coordinador General, quien es el Representante Legal, la Sindicatura, integrada por un Titular y un Suplente y las Unidades Técnicas.
Deterioro del patrimonio territorial-cultural, socio ambiental y económico: En el marco de la misión institucional, el SATOC ha tenido la oportunidad a través de los proyectos, tener presencia en varias comunidades en ambas regiones del país, con la intención de contribuir con aportes para resolver o paliar situaciones consideradas críticas en lo que hacen a la problemática de las comunidades indígenas.
Considerando el deterioro socio ambiental y económico de las comunidades campesinas, se parte de la base que la producción campesina tiene un impacto menor sobre el medio ambiente y los recursos naturales comparada con la agricultura industrial que, por su mayor fuerza agresiva expresada en su tecnología genética, mecánica y química agrede al equilibrio ecológico y los ciclos naturales.
El SATOC es miembro fundador de la Red Rural de Organizaciones Privadas de Desarrollo y de POJOAJU, la Federación de ONGs y de Redes de distintas organizaciones. Por otra parte, para determinados emprendimientos, el SATOC se integra a Consorcios con entidades fraternas tales como con el CERI.